As empresas instaladas nas ZPEs gozam dos seguintes incentivos fiscais, cambiais e administrativos concedidos pelo Governo Federal(Lei 11.508/2007, com as alterações introduzidas pelas Leis 11.732/2008 e 12.767/2012):


Suspensão de impostos e contribuições (Imposto de Importação, IPI, PIS, COFINS, PIS-Importação e COFINS-Importação e Adicional ao Frete para Renovação da Marinha Mercante) nas aquisições no mercado interno e nas importações. Quando se tratar da importação de bens de capital, o incentivo se aplica a bens novos e também usados, estes últimos quando se tratar de conjunto industrial e que seja elemento constitutivo da integralização do capital social da empresa;


As empresas podem destinar o correspondente a até 20% do valor da receita bruta resultante da venda de bens e serviços para o mercado interno. Entretanto, sobre estas vendas incidem, integralmente, todos os impostos e contribuições normais sobre a operação e mais os impostos/contribuições suspensos quando da importação ou aquisição de insumos no mercado interno;


As empresas implantadas em ZPE localizada nas áreas da SUDAM, da SUDENE ou da SUDECO têm direito a diversos incentivos administrados por essas autarquias, sendo o mais importante deles a redução de 75% do IR pelo prazo de 10 anos;


As empresas gozam de “liberdade cambial” (podem manter no exterior, permanentemente, 100% das divisas obtidas nas suas exportações; fora das ZPEs, essa faculdade não é garantida em lei, dependendo de resolução do Conselho Monetário Nacional);


Nas suas importações e exportações, as empresas estão dispensadas de licenças ou autorizações de órgãos federais, que não sejam associadas aos controles de ordem sanitária, de interesse da segurança nacional ou de proteção ao meio ambiente;


Os tratamentos fiscais, cambiais e administrativos resumidos acima estão assegurados pelo prazo de até 20 anos, podendo ser prorrogados por igual período, no caso de investimentos de grande vulto, que exijam longos prazos de amortização;


Além disso, as empresas em ZPE também têm acesso aos seguintes benefícios disponíveis para qualquer outra, independentemente de estar localizada em ZPE ou não: redução a zero do IR sobre remessas para promoção comercial no exterior; preferência nas compras governamentais de bens e serviços de informática e automação; isenção e manutenção de crédito de IPI e depreciação acelerada para equipamentos, máquinas, aparelhos e instrumentos novos; e vários benefícios (depreciação integral, redução de IR sobre remessas para registro de marcas, etc) para as empresas que atuarem em pesquisa e desenvolvimento e inovação tecnológica.


No âmbito dos Governos Estaduais, as empresas em ZPE podem se beneficiar ainda da isenção do ICMS nas importações e nas compras no mercado interno. O Convênio ICMS 99/1998 do CONFAZ (alterado pelo Convênio ICMS 119/2011) autoriza os Estados a isentar do ICMS as saídas internas destinadas aos estabelecimentos localizados em ZPE; a entrada de mercadorias ou bens importados do exterior; e a prestação do serviço de transporte de mercadorias ou bens entre as ZPEs e os locais de embarque/desembarque, conforme o caso.


Já o Convênio ICMS 97/2012 autoriza os Estados a isentar a cobrança do diferencial de alíquota, incidente nas transações interestaduais envolvendo bens de capital.


Na esfera dos Governos Municipais, a tendência é no sentido da isenção do IPTU das empresas em ZPE neles localizadas, por um determinado período de tempo.